Công ty cổ phần Sông Đà 9.06 tiền thân là Xí nghiệp Sông Đà 9.06 - Công ty Sông Đà 9 Tổng công ty Sông Đà, được thành lập theo quyết định số: 21 TCT- VPTH do Tổng Giám đốc Tổng Công ty Sông Đà ký ngày 31/5/2001 .

Sau gần 3 năm hoạt động Xí nghiệp Sông Đà 9.06 được chuyển đổi thành công ty cổ phần theo Quyết định số 1749/QĐ-BXD ngày 26 tháng 12 năm 2003 của Bộ trưởng Bộ Xây dựng về việc chuyển Xí nghiệp Sông Đà 9.06 thuộc Công ty Sông Đà 9 thành Công ty cổ phần Sông Đà 9.06 với số vốn điều lệ đăng ký ban đầu là 5 tỷ đồng.

Ngày 15/01/2004, Công ty cổ phần Sông Đà 9.06 đã chính thức được đăng ký kinh doanh theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 0103003554 do Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội cấp.

Ngày 27 tháng 4 năm 2007, Công ty đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh thay đ ổi lần thứ 01, theo đó vốn điều lệ của Công ty sẽ tăng từ 5 tỷ lên 25 tỷ đồng Việt nam.

Công ty đã được Tổng Công ty Sông Đà giao tham gia thực hiện nhiều nhiệm vụ quan trọng trên những công trình trọng điểm của đất nước như: Nhà máy thuỷ điện Yaly, nhà máy thủy điện Sơn La, nhà máy thuỷ điện Tuyên Quang, nhà máy thuỷ điện Nậm Chiến...

Công ty trúng thầu và đã thi công các công trình: Nhà máy xi măng Hoàng Mai, Viện xã hội học Cămpuchia, sân vận động Hà Nội, trụ sở làm việc Công an tỉnh Hoà Bình, Khách sạn Mặt trời Sông Hồng – 23 Phan Chu Trinh – Hà Nội, Khách sạn 109 Trần Hưng Đạo – Hà Nội, Khách sạn du lịch Công đoàn Việt Nam – 14 Trần Bình Trọng – Hà Nội, Trụ sở làm việc Tổng công ty phát hành sách Việt Nam – 44 Tràng Tiền – Hoàn Kiếm – Hà Nội, Công viên Nguyễn Thái Học tỉnh Yên Bái, Trụ sở làm việc Công ty cổ phần Sông Đà 9 (11 tầng), Toà nhà hỗn hợp Mỹ Đình – Hà Nội (17 tầng), Chung cư CT4, CT9 khu đô thị Mỹ Đình – Hà Nội... Và nhiều công trình thuỷ lợi vừa và nhỏ khác.

Ngoài lĩnh vực thi công xây lắp Công ty đã nhiều năm sản xuất và kinh doanh bê tông thương phẩm