Công ty Cổ phần Cấp nước Bến Thành là đơn vị được cổ phần hóa từ Chi nhánh Cấp nước Bến Thành trực thuộc Tổng Công ty Cấp nước Sài Gòn (tiền thân là Chi nhánh Cấp nước Sài Gòn trực thuộc Công ty Cấp nước TP.HCM). Công ty được thành lập và đi vào hoạt động từ ngày 01/02/2007 theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 4103005880 cấp ngày 08/01/2007 của Sở Kế hoạch và Đầu tư TP.HCM.
Chi nhánh Cấp nước Sài Gòn được thành lập và đi vào hoạt động từ 01/7/1991 (Quyết định số 202/QĐ-TCNSTL ngày 31/7/1991 của Sở Giao thông Công chánh TP.HCM).

Từ tháng 9/2005, Chi nhánh được đổi tên thành Chi nhánh Cấp nước Bến Thành (Quyết định số 62/QĐ-TCT-TC ngày 31/8/2005 của Tổng Công ty Cấp nước Sài Gòn) sau khi Tổng Công ty Cấp nước được thành lập trên cơ sở hợp nhất Công ty Cấp nước Thành phố và một số đơn vị khác.

Theo chủ trương chung, Ủy Ban Nhân Dân Thành phố Hồ Chí Minh quyết định (số 6652/QĐ-UBND ngày 31/12/2005) phê duyệt phương án và chuyển Chi nhánh Cấp nước Bến Thành thuộc Tổng Công ty Cấp nước Sài Gòn thành Công ty Cổ phần Cấp nước Bến Thành.

Ngày 04/12/2006, Công ty Cổ phần Cấp nước Bến Thành tổ chức Đại hội cổ đông thành lập để thông qua Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Công ty, thông qua phương án sản xuất kinh doanh 3 năm sau cổ phần hoá (2006 – 2008) và bầu ra Hội đồng quản trị, Ban Kiểm soát.

Công ty Cổ phần Cấp nước Bến Thành chính thức đi vào hoạt động theo hình thức công ty cổ phần từ ngày 01/02/2007 theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 4103005880 cấp ngày 08/01/2007 của Sở Kế hoạch và Đầu tư TP.HCM.